Willkommen an Board, 
born2kill! 
Mach dich mal mit der Funktionsweise von eMule vertraut. Peer 2 Peer ist nicht vergleichbar mit dem Client-Server-Prinzip von FTP. Ein ed2k-Server hostet keine Dateien, nur die Clients haben diese. Demnach ist das einzige was du tun kannst, lass eMule laufen und gib den Inhalt deines einstigen FTP-Servers frei. Das ist aber nicht vergleichbar mit einem Server, es gibt beispielsweise keine Rechteverwaltung! 
Guter Einstiegspunkt für deine Lektüre: 
offizielle FAQ