Warum hast du das oben nicht schon gesagt!?
Dann kann ich dir nur eines empfehlen - zum Testen:
Entpacke die originale eMule 0.42g (lade die binary) in einen neuen Ordner.
Starte eMule, nimm deine Einstellungen alle vor, lege neue und leere incoming und temp Ordner fest und dann restarte eMule.
Importiere dann aus dem anderen eMule Ordner mal so 1-3 temp files ( Tools --> Import ).
Die ausgewählten Dateien werden neu gehasht.
Dauert also eine kleine Weile.
Danach connectest du zu einem Server und lässt Muli einfach mal laufen..
Irgendwann dann beenden und wenn deine Probleme weg sind, dann kannst du alle anderen files auch importieren.
.. Und wieder zu deinem Mod wechseln, aber da besser auch frisch installieren (neuer Ordner, keine files aus dem config übernehmen).
Good Luck